1С : версия компоненты comcntr отличается от версии корневого модуля
После обновления платформы начала собственно выскакивать эта ошибка при синхронизации ЗУП и Бухгалтерии.
Решение:
В реестре ищем все записи с упоминанием comcntr.dll и меняем путь нахождения библиотеки. Например :