1С: быстрая очистка большого регистра сведений

Самый простой способ — создать пустую запись без фильтров:

НаборЗаписей = РегистрыСведений.наш_регистр.СоздатьНаборЗаписей();
НаборЗаписей.Записать();

НаборЗаписей = РегистрыСведений.наш_регистр.СоздатьНаборЗаписей();

НаборЗаписей.Записать();