Задача: отобразить на карте  ОЧЕНЬ большого количества обьектов на карте:

Решение: для отображения используем ObjectManager с включенной кластеризаций, кроме того, обекты загружаем через JSON с типом «Feature» — т.е. метки загружаются ни как обьекты, а как «теневой массив», который не умеет отображать контент,хинты и имеет еще ряд ограничений. Этот момент мы обходим следующим образом: при наведении курсора мышки на  метку, мы переносим её в «обьекты».

javascript:

    var myMap;    
    latitude=55.76;
    longitude=37.64;
    navigator.geolocation.getCurrentPosition(
    function(location) {
      latitude=location.coords.latitude;
      longitude=location.coords.longitude;
      accuracy=location.coords.accuracy;
      ymaps.ready(init);
    },
    function(error){
        ymaps.ready(init);        
    }
    );    


function init () {
    console.log("-инициируем карту в "+latitude+" и "+longitude);
    myMap = new ymaps.Map('map', {
        center: [latitude, longitude], 
        controls: ['trafficControl','zoomControl','routeButtonControl','routeEditor'],
        zoom: 15
    }, {
        searchControlProvider: 'yandex#search'
    });    
    if (isMobile.any()) {
        console.log("-открыто на мобильнике - отключаем мультитач");
        //myMap.behaviors.disable('drag');
        myMap.behaviors.disable('multiTouch');
    }
    LoadEVCByCar(<?=$Users->defaultcar?>);
}    
function LoadEVCByCar(carcode){
    //очищаем холст
    myMap.geoObjects.removeAll();
    NormalCollection = new ymaps.GeoObjectCollection();
    //теневые не полноценные обьекты загружаем скопом
    objectManager = new ymaps.ObjectManager({clusterize: true}); 
    myMap.geoObjects.add(objectManager);        
    $.post("csdcsdcs", {  
        carcode:carcode,
        latitude:latitude,
        longitude:longitude
    }).done(function(data) {
        jsond=JSON.parse(data);
        objectManager.add(jsond);    
    });
    // по событию "попадание мышкой" теневой обьект удаляем и создаем "настоящий" полноценный, с которым далее и работаем..
    objectManager.objects.events.add(['mouseenter', 'mouseleave'], Shadow2Normal);
  
};
function Shadow2Normal (e) {
    aa=e;
    console.log(e);
    if (e.get('type') == 'mouseenter') {        
        objectIdcur = e.get('objectId');
        newob=objectManager.objects.getById(objectIdcur);
        myMap.geoObjects.remove([objectIdcur]);
        objectManager.remove([objectIdcur]);
                
        newob.options["draggable"]=false;
        newob.options["id"]=newob.id;
        NormalObject = new ymaps.GeoObject(
                {
                    id:   newob.id,
                    geometry :   newob.geometry,
                    properties:  newob.properties
                },
                    newob.options
                );
        
        NormalCollection.add(NormalObject); //добавляем в коллекцию    
        myMap.geoObjects.add(NormalCollection); // добавляем на холст                  
        
    };
}

PHP:

<?php
    $JsonEVCS=array();
    $JsonEVCS["type"]="FeatureCollection";
    
    $longitude= _POST("longitude");
    $latitude= _POST("latitude");
    $carcode= _POST("carcode");
    for ($i = 1; $i <= 10000; $i++) {
            $evcs_info=array();
            $evcs_info["type"]="Feature";
            $evcs_info["id"]=$i;        
            $evcs_info["geometry"]["type"]="Point";
            $m1=rand(0,1);if ($m1==0){$m1=-1;};
            $m2=rand(0,1);if ($m2==0){$m2=-1;};
            $evcs_info["geometry"]["coordinates"]=array($latitude+$m1*rand(1,200)/100,$longitude+$m2*rand(1,200)/100);                                
            $evcs_info["properties"]["balloonContent"]="html код";
            $evcs_info["properties"]["hintContent"]="Подсказка";
            $evcs_info["properties"]["data"]["ip"]="32у23";  
            $evcs_info["options"]["preset"]="islands#redDotIcon";
            $evcs_info["properties"]["iconContent"]="Имя";
            $evcs_info["options"]["draggable"]=false;
            $evcs_info["options"]["hideIconOnBalloonOpen"]=false;
            $JsonEVCS["features"][]=$evcs_info;
    };
  echo json_encode($JsonEVCS);